不動産売却にかかる税金は3種類！譲渡所得税の計算方法や節税のコツを解説

多くの方々が不動産売却時の税金に頭を悩ませています。
とくに「高額な税金を請求されるのではないか」との不安や「節税する方法を知りたい」との声をよく聞きます。
本記事では、不動産売却にかかる税金の種類や譲渡所得税の計算方法、節税のコツを解説しますので、不動産を売却予定の方は、ぜひ参考になさってください。

不動産売却時にかかる税金は3種類！

不動産を売却する際には、印紙税や登録免許税、場合によっては譲渡所得税が課されます。
それぞれの税金について、その特徴と支払い時期を解説します。

①印紙税とは

印紙税とは、売買契約書や領収書などの文書を作成した際に、印紙税法に基づきその文書に課税される税金のことです。
不動産の売買契約をする際には売買契約書を交わすため、売買代金に応じて印紙税が発生します。
売買契約書は、売主と買主それぞれが1通ずつ保持するため、売主と買主で共に負担するのが一般的です。
印紙税の金額は、契約書に記載された契約金額によって異なります。
2027年3月31日までの契約書には税額軽減措置が適用され、納税額が低くなります。
たとえば、契約金額が500万円を超え1,000万円以下の場合、通常の税率では1万円ですが、軽減措置が適用されると5,000円です。
印紙税は契約金額に応じて段階的に税額が高くなるため、売却予定の不動産の価格を事前に確認し、必要な金額を用意しましょう。

②登録免許税とは

登録免許税とは、不動産の登記申請をおこなう際に必要となる税金です。
登録免許税は、不動産の登記の種類に応じて税率が異なります。
不動産を売却して所有権の移転登記をおこなう場合、通常の税率は「固定資産税評価額の2％」です。
しかし、2026年3月31日までの期間中は、土地の売買に関する所有権移転登記に対して税率の軽減措置が適用されます。
軽減措置により、税率は「固定資産税評価額の1.5％」で計算されるため、売却する際の税負担が少し軽くなります。
なお、所有権移転登記にかかる登録免許税は、買主が負担するのが一般的です。
抵当権が付いている不動産を売却する場合は、抵当権抹消登記が必要です。
抵当権抹消登記にかかる登録免許税は1件につき1000円となり、売主が負担します。

③譲渡所得税とは

譲渡所得税とは、不動産売却で利益が生じた場合に課される税金です。
そのため、売却によって利益がない場合は税金の支払いが不要です。
譲渡所得税には主に3種類の税金が含まれています。
1つ目は所得税です。
不動産売却による利益は申告分離課税となり、ほかの所得と分けて申告が必要となります。
2つ目は住民税です。
住民税は、地方税として譲渡所得に応じて課税されます。
3つ目は復興特別所得税です。
復興特別所得税は2037年まで、震災復興資金の調達のために設けられています。
なお、それぞれの税金には支払いのタイミングがあります。
たとえば、印紙税は不動産の売買契約時に、登録免許税は不動産の登記申請時に納税が必要です。
所得税は譲渡所得が生じた次の年の確定申告時に、住民税は確定申告した年の6月以降に支払います。

不動産売却時にかかる税金「譲渡所得税」の計算方法とは？

登録免許税や印紙税は売買代金に応じて税額が決まっていますが、譲渡所得税の場合は計算が複雑です。
譲渡所得税の計算は、売却による利益を特定し、その利益に税率を適用して算出する必要があります。
譲渡所得税の計算は、以下の3ステップに分かれます。

STEP①譲渡所得の計算

譲渡所得とは、単に不動産を売却したときに受け取る金額ではなく、売却価格から売却にかかった費用と購入時の費用を差し引いた額です。
具体的な計算式は以下のとおりです。
譲渡所得＝売却価格 －（譲渡費用＋取得費用）
譲渡費用とは、仲介手数料、印紙税、建物解体費、土地測量費など、不動産売却時にかかった費用の合計になります。
取得費用とは、不動産を購入した際にかかった費用の合計です。
購入代金、建築費、購入時の税金、仲介手数料などが取得費に該当します。
購入時の具体的な費用が不明な場合は、売却価格の5%を概算取得費として用いることがあります。
取得費については、建物の場合は経年による価値の減少を考慮した減価償却も必要です。
居住用不動産の減価償却費は、次のように計算します。
減価償却費＝取得価額×0.9×償却率×経過年数
償却率は建物の構造によって異なり、たとえば木造で「0.031」、鉄筋コンクリート造で「0.015」と設定されます。

STEP②特別控除額を差し引く

特別控除額は、特定の条件を満たした場合に譲渡所得から引くことができる金額のことです。
一例として、自宅（マイホーム）を売却した際に適用される3,000万円の特別控除があります。
仮にSTEP①で算出した譲渡所得が1,000万円だった場合、3,000万円の特別控除を適用すると譲渡所得はゼロとなります。

STEP③譲渡所得に税率を乗じる

譲渡所得税の税率は不動産の所有期間に応じて以下のとおりです。

●短期譲渡所得（所有期間が5年以下）：39.63％
●長期譲渡所得（所有期間が5年を超える）：20.315％

所有期間は、不動産を取得した日から売却した年の1月1日までの期間になります。
売却した日までの期間ではないため、注意が必要です。

不動産売却時にかかる税金を節税するコツとは？

不動産売却時にはさまざまな税金がかかるため、効果的な節税対策を知ることが大切です。
不動産売却において損をしないための節税のコツは、以下のとおりです。

①購入額を確認できる書類の準備

不動産を売却する際、購入代金が不明な場合は売却価格の5%を概算取得費として計算することがあります。
ただし、この方法を使うと売却益が大きく見積もられ、結果的に税金の負担も増えてしまいます。
節税を図るためには、不動産の購入額が確認できる書類を用意することが重要です。
売買契約書はもちろん、支払いが記録されている通帳なども有効な書類として活用できます。
不明点があれば、税務署に確認することがおすすめです。
これらの書類を用意することにより、正確な取得費を証明し、不必要な税金を支払うことを避けることができます。

②売却のタイミングを図る

税金の負担を減らすためには、不動産売却のタイミングを慎重に選ぶことが重要です。
たとえば、特定の税制優遇を受けるためには、売却期限に注意が必要です。
「マイホームの3,000万円の特別控除」の特例を適用したい場合、その物件に住まなくなってから3年が経過する年の12月31日までに売却する必要があります。
また、所有期間が税率に影響を与えるため、所有期間が5年に近づいている場合には、注意が必要です。
所有期間が5年を超えると、税率が低くなる長期譲渡所得が適用されるため、5年が経過してから売却することも1つの手です。
ただし、売却を少し遅らせる場合は、特例の適用要件や物件の維持費なども考慮に入れてから検討しましょう。

③特例の活用

不動産売却時に節税となる特例は、マイホームの3,000万円の特別控除以外にもいくつかあります。
たとえば、マイホームの所有期間が10年を超える場合、軽減税率の特例により、6,000万円以下の部分について税率が14.21％に軽減されます。

まとめ

不動産売却にかかる税金は、印紙税、登録免許税、譲渡所得税の3種類あります。
譲渡所得税の税率は所有期間によって異なり、短期譲渡所得だと39.63％、長期譲渡所得だと20.315％です。
節税のコツは、不動産の購入額を確認できる書類の準備と、売却タイミングを図ること、特例を活用することが挙げられます。